代表性论著（*共同通讯作者，全部论著请关注ResearchGate）：
(1) Ye, Zhen*; Yuan, Juanjuan*; Damgaard, Jakob; Berchi, Gavril Marius; Cianferoni, Fabio; Pintar, Matthew R.; Olosutean, Horea; Zhu, Xiuxiu; Jiang, Kun; Yang, Xin; Fu, Siying; Bu, Wenjun* (2022) Climate Warming Since the Holocene Accelerates West-East Communication for the Eurasian Temperate Water Strider Species Aquarius paludum. Molecular Biology and Evolution, 39(5): msac089 (3年平均IF=14.033).
(2) Ye, Zhen*; Jin, Zezhong; Polhemus, Dan A.; Wang, Siqi; Fu, Siying; Yang, Huanhuan; Qiao, Mu; Bu, Wenjun* (2024) Phylogenomic reconstruction illuminates the evolutionary history of freshwater to marine transition in the subfamily Haloveliinae (Hemiptera: Heteroptera: Veliidae). Systematic Entomology, 49(2), 330–343 (3年平均IF=4.146).
(3) Ye, Zhen*; Damgaard, Jakob*; Hädicke, Christian W.; Zhu, Xiuxiu; Mazzucconi, Silvia A.; Hebsgaard, Martin B.; Xie, Tongyin; Yang, Huanhuan; Bu, Wenjun* (2023) Phylogeny and historical biogeography of the water boatmen (Insecta: Hemiptera: Heteroptera: Nepomorpha: Corixoidea). Molecular Phylogenetics and Evolution, 180: 107698 (3年平均IF=4.100).
(4) Ye, Zhen*; Chen, Danyang; Yuan, Juanjuan; Zheng, Chenguang; Yang, Xin; Wang, Wenwu; Zhang, Yaoyao; Wang, Siqi; Jiang, Kun; Bu, Wenjun* (2020) Are population isolations and declines a threat to island endemic water striders? A lesson from demographic and niche modelling of Metrocoris esakii (Hemiptera: Gerridae), Molecular Ecology, 29(23): 4573–4587 (3年平均IF=6.024).
(5) Ye, Zhen; Yuan, Juanjuan; Zhen, Yahui; Damgaard, Jakob; Yamada, Kazutaka; Zhu, Xiuxiu; Jiang, Kun; Yang, Xin; Wang, Wenwu; Wang, Shujing; Liang, Jingyu; Fu, Siying; Chen, Pingping; Bu, Wenjun* (2020) Local environmental selection and lineage admixture act as significant mechanisms in the adaptation of the widespread East Asian pond skater Gerris latiabdoministo heterogeneous landscapes, Journal of Biogeography, 47(5): 1154–1165 (3年平均IF=4.095).
(6) Ye, Zhen; Damgaard, Jakob*; Yang, Huanhuan; Hebsgaard, Martin B.; Weir, Tom; Bu, Wenjun* (2020) Phylogeny and diversification of the true water bugs (Insecta: Hemiptera: Heteroptera: Nepomorpha), Cladistics, 36(1): 72–87 (3年平均IF=5.988).
(7) Ye, Zhen; Damgaard, Jakob*; Burckhardt, Daniel; Gibbs, George; Yuan, Juanjuan; Yang, Huanhuan; Bu, Wenjun* (2019) Phylogeny and historical biogeography of Gondwanan moss-bugs (Insecta: Hemiptera: Coleorrhyncha: Peloridiidae), Cladistics, 35(2): 135–149 (3年平均IF=5.988).
(8) Ye, Zhen; Zhen, Yahui; Damgaard, Jakob; Chen, Pingping; Zhu, Lin; Zheng, Chenguang; Bu, Wenjun* (2018) Biogeography and diversification of Holarctic water striders: Cenozoic temperature variation, habitat shifting and multiple intercontinental dispersals, Systematic Entomology, 43(1): 19–30 (3年平均IF=4.146).
(9) Ye, Zhen; Yuan, Juanjuan; Li, Min; Damgaard, Jakob; Chen, Pingping; Zheng, Chenguang; Yu, Haibin; Fu, Siying; Bu, Wenjun* (2018) Geological effects influence population genetic connectivity more than Pleistocene glaciations in the water strider Metrocoris sichuanensis (Insecta: Hemiptera: Gerridae), Journal of Biogeography, 45(3): 690–701 (3年平均IF=4.095).
(10) Ye, Zhen; Zhu, Gengping; Chen, Pingping; Zhang, Danli; Bu, Wenjun* (2014) Molecular data and ecological niche modelling reveal the Pleistocene history of a semi-aquatic bug (Microvelia douglasi douglasi) in East Asia, Molecular Ecology, 23(12): 3080–3096 (3年平均IF=6.024).
主持参与项目：
1. 国家自然科学基金委员会，优秀青年基金项目，32322012，昆虫系统分类学，2024-01至2026-12，200万，在研，主持。
2. 国家自然科学基金委员会，面上项目，32470467，欧亚大陆特提斯海变迁区宽肩蝽属多样性格局演化研究，2025-01至2028-12，50万，在研，主持。
2. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31972872，黾蝽次目高级阶元系统发育研究，2020-01至2023-12，56万，已结题，主持。
3. 国家科技部，科技基础资源调查专项，2019FY100400, 子课题, 主要草原区有害昆虫多样性调查, 2020-2024，18万，总金额882万，已结题，子课题主持。
4. 国家科技部，科技基础条件平台工作重点项目，2005DKA21402，京津冀地区园林绿化害虫本底普查与鉴定，2020-01至2020-12，5万，已结题，参与。
5. 中央高校基本科研业务费专项资金资助，青年教师启动项目（校内），63191438，东亚地区扁腹黾蝽的谱系地理学研究，2019-01至2020-12，10万，已结题，主持。
6. 中央高校基本科研业务费专项资金资助，人才培育项目（校内），63191521，跨欧亚大陆五种水生蝽类昆虫比较谱系地理学研究，2019-01至2020-12，10万，已结题，主持。
7. 国家自然科学基金委员会，重点国际(地区)合作研究项目，31820103013，东亚地区蝽类昆虫广布种的比较谱系地理研究，2019-01至2023-12，265万，在研，参加。
8. 国家自然科学基金委员会，青年科学基金项目，31501853，欧亚大陆广布半水生动物圆臀大黾蝽的谱系地理学研究，2016-01至2018-12，19万，已结题，主持。
9. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31572242，基于转录组序列数据的50种长蝽总科昆虫系统发育基因组学研究，2016-01至2019-12，63万，已结题，参加。
10. 全国博士后管理委员会，中国博士后科学基金第57批面上资助项目，2015M570225，布氏巨涧黾及其近缘种的谱系地理学研究，2015-09至2018-06，8万，已结题，主持。
11. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31372240，异翅亚目昆虫线粒体系统发育基因组学研究，2014-01至2017-12，88万，已结题，参加。
12. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31071959，异翅亚目若干昆虫的物种分化与谱系地理学研究，2011-01至2013-12，36万，已结题，参加。